Πέρα από το σκηνοθετικό του έργο, ο Μιχάλης Κακογιάννης έχει γράψει πολλά σενάρια και έχει μεταφράσει στα ελληνικά και αγγλικά γνωστά θεατρικά έργα.
Στις ταινίες που σκηνοθέτησε έχει γράψει ο ίδιος και το σενάριο, εκτός από το σενάριο της «Ερόικα», στη συγγραφή του οποίου συμμετείχε η Τζέιν Κόμπ, και το σενάριο για το «Χαμένο Κορμί» που το έγραψε μαζί με τον Φρέντερικ Ουέικμαν. Έχει γράψει και άλλα σενάρια για ταινίες οι οποίες δεν γυρίστηκαν ποτέ, καθώς και σενάρια θεατρικών έργων που δεν ανέβασε, ενώ έχει εκδώσει τα σενάρια: «Στέλλα» (1990) και «Τρωάδες» (1973).
Ο Μιχάλης Κακογιάννης έχει επίσης μεταφράσει στα ελληνικά και έχει εκδόσει τα έργα του Ουίλλιαμ Σαίξπηρ: «Άμλετ» (1965), «Αντώνιος και Κλεοπάτρα» (1980), «Κοριολανός» (1990) και «Οθέλλος» (2001), όπως και τις «Τρωάδες» του Ευριπίδη (1995), ενώ έχει μεταφράσει στα αγγλικά και τις «Βάκχες» του Ευριπίδη (1982). Έχει εκδώσει επίσης το αφήγημα «Δηλαδή» (1990).
Ο Μιχάλης Κακογιάννης έχει γράψει, μεταξύ άλλων, τους στίχους από δύο πολύ γνωστά ελληνικά τραγούδια: το «Αγάπη που ‘γινες δίκοπο μαχαίρι» (συνθέτης: Μάνος Χατζιδάκις, τραγούδι: Μελίνα Μερκούρη) και το «Εφτά τραγούδια θα σου πω» (συνθέτης: Μάνος Χατζιδάκις, τραγούδι: Μελίνα Μερκούρη) που ακούστηκαν για πρώτη φορά το 1955 στην ταινία του «Στέλλα».