Στις ταινίες που σκηνοθέτησε έχει γράψει ο ίδιος και το σενάριο, εκτός από το σενάριο της «Ερόικα», στη συγγραφή του οποίου συμμετείχε η Τζέιν Κόμπ, και το σενάριο για το «Χαμένο Κορμί» που το έγραψε μαζί με τον Φρέντερικ Ουέικμαν. Έχει γράψει και άλλα σενάρια για ταινίες οι οποίες δεν γυρίστηκαν ποτέ, καθώς και σενάρια θεατρικών έργων που δεν ανέβασε, ενώ έχει εκδώσει τα σενάρια: «Στέλλα» (1990) και «Τρωάδες» (1973).

Ο Μιχάλης Κακογιάννης έχει επίσης μεταφράσει στα ελληνικά και έχει εκδόσει τα έργα του Ουίλλιαμ Σαίξπηρ: «Άμλετ» (1965), «Αντώνιος και Κλεοπάτρα» (1980), «Κοριολανός» (1990) και «Οθέλλος» (2001), ενώ έχει μεταφράσει στα αγγλικά τις «Τρωάδες» (1995) και τις «Βάκχες» 1982) του Ευριπίδη. Έχει εκδώσει επίσης το αφήγημα «Δηλαδή» (1990).